Antonio Farías Sáa, un hacendado radicado en Sumampa (Santiago del Estero) quería colocar en su estancia una capilla para la Virgen. Le pidió a un amigo que vivía en Brasil que le enviara una imagen de la Inmaculada Concepción de María.
El amigo le envió dos, la que le había encargado y otra de la Virgen con el Niño Jesús. Cuando llegaron, fueron colocadas en una carreta y partieron en caravana rumbo a Sumampa. La imagen era llevada en carreta de Buenos Aires a Santiago del Estero cuando se detuvo inexplicablemente a las orillas del río Luján (a 67 km de Buenos Aires), cerca de la casa de Don Rosendo Oramas.
Se cambiaron los bueyes y se bajó la carga. Los bueyes rehusaban cruzar el río. Entonces alguien observó las dos pequeñas cajas con las imágenes de la Virgen. Bajaron la estatua de la Virgen con el Niño sin que nada sucediera, pero cuando removieron la caja con la Inmaculada, inmediatamente los bueyes echaron a andar.
Pronto la noticia se propagó y llegaban numerosos peregrinos. Al principio la imagen fue llevada a la casa de Don Rosendo, quien fabricó la capilla primitiva donde se veneró a Nuestra Señora durante cuarenta años. Un esclavo escogido por la Virgen, de nombre Manuel, había llegado al Río de la Plata a los 25 años de edad, en la misma embarcación donde venia la bendita imagen de la Virgen. Presenció el milagro en la estancia de don Rosendo y dedicó desde entonces su vida a cuidar a la Virgen de Luján.
Doña Ana de Matos Viuda de Siqueyras, tenía tierras junto al río Luján, y quería construir una capilla y llevar la imagen a su casa. En el 1671 habló con el Padre Juan de Oramas y la colocó en su casa, pero la Santa Virgen desapareció y la encontraron en su antigua capilla. Doña Ana volvió a llevar la imagen a su casa y por segunda vez regresó a la estancia de Don Rosendo.
Luego de confirmar la veracidad de lo sucedido, la autoridad eclesiástica, autorizó oficialmente el culto público a la "Pura y Limpia Concepción del Río Luján". Doña Ana donó el terreno para la realización del nuevo templo en el año 1677 lugar en donde actualmente se encuentra Basílica de Luján.
Don Juan de Lezica y Torrezuri, nacido en Vizcaya, fue curado milagrosamente por la Santísima Virgen de Luján. En agradecimiento se entregó por completo a la creación del nuevo templo y en agosto de 1754 se inicio la construcción. En 1765 se terminó felizmente la obra y los cabildantes de Luján eligieron y juraron a Nuestra Señora por celestial Reina y Patrona.
Hacia 1872, el Arzobispo de Buenos Aires, Monseñor Federico Aneiros, entregó la custodia del templo a los sacerdotes de la congregación de la Misión, conocidos como Padres Lazaristas. En aquel entonces el Padre Jorge María Salvaire, fue herido en un viaje por los indios y estuvo al borde de la muerte. En ese momento realizó una promesa a la Santísima Virgen y fue sanado. La promesa del Padre Salvaire fue, "Publicaré tus milagros..., engrandeceré tu Iglesia". En cumplimiento de este voto, publicó en 1885 la "Historia de Nuestra Señora de Luján". En 1889 fue nombrado Cura Párroco de Luján y dedicó su vida y esfuerzos para edificar la gran Basílica, con el apoyo de Monseñor Aneiros y la colaboración de sus compañeros de Congregación, inició la construcción de la actual Basílica Nacional el 6 de mayo de 1890.
La Basílica se inauguró en 1935. La basílica, de estilo gótico, tiene preciosos vitrales. La cripta de la basílica alberga muchos tesoros relacionados con la historia de Luján, cuenta además con hermosas réplicas de todas las advocaciones marianas de América.
En 1886, el Padre Salvaire presentó al Papa León XIII, la petición del Episcopado y de los fieles del Río de la Plata para la coronación de la Virgen. El Pontífice bendijo la corona y le otorgó Oficio y Misa propios para su festividad, que quedó establecida en el sábado anterior al IV domingo después de Pascua.
La coronación canónica se realizó el 8 de mayo de 1887. El santuario recibió de Pío XII el título de Basílica en el año de 1930. El Beato Juan Pablo II bendijo la imagen de Nuestra Señora de Luján el 11 de noviembre de 1995, con ocasión de la visita ad limina de los obispos argentinos.
El 13 de noviembre de 1998 el Papa visitó la iglesia nacional de Argentina en Roma, el primer templo de una república americana situado en la diócesis del Papa, y entronizó la imagen de la Virgen de Luján, patrona de Argentina. Dijo el Papa: «En la encrucijada del Tercer Milenio te encomiendo, Madre Santa de Luján, la patria Argentina: las esperanzas y anhelos de sus gentes; sus familias y hogares, para que vivan en santidad; sus niños y jóvenes, para que crezcan en paz y armonía y puedan encontrar su vocación humana y cristiana; te encomiendo también el esfuerzo cotidiano y el diálogo solidario de los empresarios, trabajadores y políticos, que en la Doctrina Social de la Iglesia encuentran su inspiración más genuina».
El pontífice también suplicó a la Virgen Patrona de la Argentina que cuide al pueblo argentino, lo sostenga en la defensa de la vida, lo consuele en la tribulación, lo acompañe en la alegría y lo ayude siempre «a elevar la mirada al cielo, donde los colores de su bandera se confunden con los colores de tu manto inmaculado»
